0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织奥古

时间进入2020年，地球人与天顶星人战斗已经结束经年。以瑞克·卡特（RickHunter配音）为首的远征军正在集结，太空堡垒3号（SDF-3）业已完工，新的时代即将来临。但是远征军的计划进行的颇为艰难，由于要带走地球上几乎全部的武装，军队内部争议重重。除此之外，瑞克还将面对个人问题。他即将和战争伴侣丽莎（MelanieMacQueen配音）步入婚姻殿堂，与明美的爱恋也要随之落下帷幕。另一方面，由于天顶星人叛变与落败，机器人统治者离开泰洛星前往地球。在这一时刻，瑞金特率领的因维舰队入侵泰洛星，旨在寻找生命之

香港某个国际伪钞集团重要分子宋子豪（狄龙饰）和Mark（周润发饰）情同手足，某次宋子豪带手下谭成（李子雄饰）去台北交易时被其出卖受枪伤被捕入狱，为替好兄弟报仇，Mark孤身赴台，结果被人打成瘸子，江湖地位自此一落千丈，而宋子豪的父亲也在不久丧命。一向视宋子豪为偶像的宋子杰（张国荣饰）得知哥哥的真实身份后，对黑社会及他恨之入骨，立誓利用警察身份将黑帮势力斩草除根，宋子豪出狱后不顾苦等他想重创辉煌的Mark的劝阻，决心弃暗投明，无奈得不到宋子杰的谅解。而此时已成帮会老大的谭成欲找宋子豪再合作，遭拒绝后放言会害

蕾普莉（西格妮•韦弗SigourneyWeaver饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行

泰勒（查理•辛CharlieSheen饰）是越战期间的一名美国大学生，他前往越南前线去服兵役，被分到了一个步兵部队。部队里有两个人一直对他影响颇大——伊莱亚斯（威廉•达福WillemDafoe饰）和巴恩斯（汤姆•贝伦杰TomBerenger饰）。他们两人对战争的看法截然不同，前者不忍残杀无辜，而后者却杀人如麻，泰勒心里非常迷惑，到底谁对战争的看法才是正确。巴恩斯展开了一场残忍的屠杀，越南整条村落都流血成河。伊莱亚斯力劝好友不要如此残暴，却遭致二人关系的裂缝。巴恩斯更怀疑伊莱亚斯向上司打小报告，友谊变为妒恨