一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。柯克命令“赏金号”进入

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了

哈瓦那（帕特丽夏·阿奎特PatriciaArquette饰）和彼得（泰特·多诺万TateDonovan饰）是一对感情非常要好的恋人，两人在抢劫了一间游乐场后逃回了故乡。他们的故乡是一个民风非常古老而又保守的地方，在那里，法律不值一提，居民们生活信奉的唯一准则就是圣经。在那里，哈瓦那和彼得终于实现了他们的心愿携手步入了婚礼的殿堂，可是婚后没多久，一场可怕的车祸便夺走了彼得的弟弟。根据圣经记载，哈瓦那将再度嫁给彼得年仅十二岁的弟弟西科（约瑟夫·高登-莱维特JosephGordon-Levitt饰）。哈瓦那决定