在海外漂泊多年的FlynnCarson（NoahWyle扮演）回到了纽约大都会图书馆，他打算重拾往日的工作，好好安顿下来。不过，一个怪梦让他的想法落了空，他被引到了新奥尔良。在那里，他卷入了臭名昭著的吸血鬼王子VladDracul的巨大阴谋。Flynn必须像以前一样，战胜自己的恐惧，保护极具传奇色彩的神器－－《最后的晚餐》中的圣杯。JonathanFrakes将继续扮演Judson，昔日的图书馆员，如今已成为馆长。当过海军陆战队士兵的Judson在格斗方面是个好手。JaneCurtin也将沿袭自己在上一部

本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。

皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁……来自外层空间的索纳人联结星际联盟