正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THEONE。之后，他（THEONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是theone事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民

公元794年，日本桓武天皇时期，京都长冈被其胞弟早良亲王怨灵诅咒，天灾人祸不断。桓武天皇被迫迁都平安京，由此开启四百年平安时代序幕。彼时权贵内部斗争激烈，人民生活疾苦，世间因此怨灵丛生，人、鬼与怪物屏息同栖。隶属于宫廷阴阳寮的阴阳师们，作为平衡天、地、人、鬼间矛盾的存在，自此活跃在历史舞台上，其中最为耀眼的便是身世成谜的安倍晴明（野村万斋饰）。右近卫中将源博雅（伊藤英明饰）受托拜访安倍晴明，被所目睹的奇异景象及晴明的个人魅力深深折服；晴明亦被博雅正直的品德吸引。故事便从两人宿命相识，结下珍贵情谊开始。宫廷