猫眼三姐妹是专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有猫眼三姐妹字样的卡片。被猫眼三姐妹所盗的美术作品都属于她们失散多年的父亲海因茨（一位著名的艺术收藏家）所拥有。犬鸣警察署刑警内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次因猫眼三姐妹逍遥法外而失败。来生瞳是内海俊夫的女友，经营一家同样名为“猫眼”的咖啡厅。内海俊夫却不知道，来生瞳即是猫眼三姐妹之一……

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──在激战的彼端，等待着他的是……

故事讲述孤儿茱蒂·艾布特由天真的女孩成长为美丽少女的故事。孤儿茱蒂从小生活在黑暗阴郁的约翰·格里尔孤儿院。这反而让她养成了开朗乐观的个性，处处体谅别人，用心地生活着。她非常擅长于写作。一天，一位神秘的善心人士读过她写的讽刺小说后，决定资助她进入纽约住宿高中就读。茱蒂对这位善心人士一无所知，只知道他匿名为“长腿叔叔”。终于，茱蒂离开了从小生长的孤儿院，飞向更广阔的世界。在那里，她结识了出身上流社会的室友茱莉亚与她的叔叔贾维斯。默默暗恋贾维斯的茱蒂，却因为彼此身份的巨大落差而苦苦挣扎着，属于她的幸福人生何时才

承受着残酷命运的少女露恩•芭洛特（林原惠美配音）与强敌鲍伊德（矶部勉配音）进行着实力悬殊的惨烈战斗，危急时刻，号称万能兵器的犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人配音）出现，拯救了濒临死亡的芭洛特。当芭洛特再次醒来，发现自己正置身于传说中的禁忌科学诞生之地——“乐园”实验室，再次她见识了许多奇怪的发明，并了解到“乐园”和三博士的过去。经过一番追查，她终于得知榭尔（中井和哉配音）的记忆正藏在卡西诺赌场的一枚筹码之中。为了追查榭尔的过去，芭洛特化装成赌客走入凶险的赌场……本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”

在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人配音）的协助下，潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特（林原惠美配音）经过连番赌局，终于挫败技术高潮的装甲艾许雷，在筹码上百万美金的赌局中获胜，并且成功拿到藏有榭尔（中井和哉配音）记忆的筹码。可与此同时，鲍伊德（矶部勉配音）紧追不舍，定要置露恩于死地。随着榭尔的记忆大白天下，一切丑恶到了决断的时刻……本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中最后一部（前两部分别为“压缩”和“燃烧”）。