柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子配音），和伙伴石田大和（风间勇刀配音）、武之内空（水谷优子配音）、泉光子郎（天神有海配音）、太刀川美美（前田爱配音）、城户丈（菊池正美配音）、高石武（小西寛子配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

表面上，高岭清麿（樱井孝宏配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场

就职于童守町小学的鵺野鸣介（置鲇龙太郎音）虽然外表平平，实际却有着非同寻常的经历。他在小学时曾被魔物侵染，其具有灵力的女老师牺牲自己将魔物封印在鸣介的左手之中，成为名副其实的“鬼手”。鬼手如同除灵师的凭神一样，既可与灵体沟通，又能完成各种离奇的除灵工作。童守町历来就流传着许多灵异传闻，起初不被学生信任的鸣介在一次次除灵工作之后和学生们建立起深厚的感情。在这一过程中，他也结识许多来自不同世界的伙伴：温柔可爱的雪女（白鸟由里音）、冷酷无情的妖狐玉藻（森川智之音）等，都给鸣介和学生们的生活中留下无限惊险和刺激…

因为感觉到自己欠缺了某种制胜的关键因素，“不幸的天才击球手”儿岛弘道，与教练木野崎、投手中根一起，前往冲绳进行特训，在那里他们碰见了了号称赌博棒球从无败迹的谜样的男人——渡久地东亚。对于东亚的赌球行为深感愤慨的儿岛，提出与东亚进行一场名为"ONEOUTS"比赛——即击球手与投球手的双人对决。结果，身为天才职业击球手的儿岛，竟然惨败给了只有“三流投手”水平的东亚，同时他也深深领略到了这个男人的可怕之处。经过一段时间的山中修行，儿岛提出要以自己的职业生涯来赌

来生三姐妹经营着一家名叫“猫眼”的咖啡店。其实，三姐妹是海恩茨的女儿，这位伟大的画家与收藏家，在三姐妹小时神秘失踪了，而随着父亲的失踪，家中的藏品也都一夜蒸发。于是，三姐妹白天是活泼可爱的少女，夜里变身成黑夜中的盗贼——“猫眼三姐妹”。她们只偷那些曾经是父亲的藏品，希望借此寻找到失踪的父亲的蛛丝马迹。而二妹来生瞳更是特殊，因为她的男友正是要逮捕“猫眼三姐妹”的年轻警察。真相与爱，黑夜中游走的三姐妹在一次次犯罪中找寻这些问题的答案。

本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“

泷莲三郎（屋良有作配音）一个普通的上班族，而他有着不为常人所知的另一个角色——“黑暗护卫”（闇ガード），为了维护人界与魔界之间的和平而不断的战斗着。接到上级分配下的任务，与魔界的绝色美女麻纪绘（藤田淑子配音）一起保护魔导士乔瑟贝‧迈亚多（永井一郎配音），确保他在即将在东京签订的两界休战条约之前的安全。在机场经过一场恶斗后，总算是接到了迈亚多，而他却是个任性的好色老头。但俩人基于职责所在，将迈亚多护送到饭店。殊不知魔界激进派分子早已经设下埋伏并展开攻击，意图破坏和约的签订。危机中，泷与麻纪绘能否顺利完成任务

娜美偶然得到一张珍兽岛的地图，据说那里埋藏着无价的宝藏，草帽海贼团的诸位不顾乔巴的阻拦，决定向这座小岛挺进。正在此时，海底火山爆发，将黄金梅利号抛向空中。机缘巧合，他们竟然被抛到了珍兽岛。这个小岛由会说人话的动物统治，它们的老国王麒麟狮已经仙逝，偶然跌落于此的乔巴被众兽奉为新的国王。乔巴拗不过众兽，权且任职。正当珍兽岛为新国王的诞生欢欣鼓舞之时，贪婪邪恶的巴特拉伯爵及其爪牙登陆小岛。为了传说中的“国王宝藏”，他不惜对岛上的动物大开杀戒。他们也势必和草帽海贼团发生冲突……本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原