自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎（桐山漣饰）和飞利浦（菅田将暉饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂（杉本彩饰）的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己（松岡充饰）及其邪恶组织“

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度解决掉身边的怪人，身处昭和和平成的两代正义战士见面，但紘汰对于这个和父亲年龄相仿的传奇假面骑士充满不解。在此期间，假面骑士decade门矢士（井上正大饰）正积极联络这个世界上的15名平成假面骑士，他也与紘汰取得了联

心理諮詢師茉優（池田依來沙飾），負責看診一名由警察保護的少女。失去所有記憶的少女連自己的名字都忘了，而茉優身旁竟然也開始發生許多無法理解的怪事……另一方面，在網路行銷公司工作的祐介（塚本高史飾）的推薦下，茉優的弟弟和真（清水尋也飾）成為了一名YouTuber，和真為了增加影片的點閱量，打算偷偷到發生過5人死亡的火災地點拍攝靈異影片，沒想到這卻讓他……

原本对生活怀有极大热情的结衣（佐佐木希饰），在遭遇了佐伯俊雄一家后命运彻底发生转变，她的身影消失在那栋阴森可怖的房子里，而关于复仇的故事却仍未结束。结衣的姐姐麻衣（平爱梨饰）做了一个关于妹妹的不祥之梦，事后她想方设法联系结衣，然而始终没有回音。俊雄在遭遇了父亲刚雄（绯田康人饰）屠杀母亲伽椰子的血腥惨剧后，她被亲戚接走，和姐姐玲央（小野乃乃香饰）一家住在一起。从这天开始，玲央家怪事不断，住在对面医院的小女孩更目睹到俊雄可怕的一面。伽椰子的怨念愈演愈烈，无差别的复仇波及到了每一个和佐伯家扯上关系的陌生人……

《新宿天鹅2》的故事舞台随着同名漫画续作发展，搬到了日本横滨上演。男主角白鸟龙彦（绫野刚饰）将与浅野忠信所饰演的“横滨巫师”社长泷正树正面对抗，在漫画中，泷正树是“新宿天鹅史上最恐怖的敌人”，这个角色，由怪咖影帝浅野忠信来演绎简直再合适不过。