阳光明媚的一天，盛大的B级美食嘉年华在春日部市召开，野原新之助（矢岛晶子配音）看到新闻后兴奋非常，于是和樱田妮妮、风间彻、代全林、佐藤正男等好朋友们商定，偷偷前往嘉年华大饱口福。与此同时，B级美食嘉年华举行的消息也传到所谓的A级美食机构。该机构最高负责人满美食大人（中村悠一配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。小

故事讲述住在诺斯特拉达姆斯邻镇的努斯特拉达马斯留下了一个预言：“在20和23并列的年份，天上会降下两道光芒。一道是黑暗之光，另一道是小小的白光……不久，黑暗之光就会拥有强大的力量，扰乱和平，给世界带来巨大的混乱。”然后2023年夏天，两道光从宇宙接近。等待晚饭的新之助被白色的光击中了，身体充满不可思议的力量。“屁股……屁股热乎乎的……”一用力，玩具就会漂浮在空中！这是才能利新之助诞生的瞬间。另一方面，沐浴着黑光、成为黑暗护手的男人的名字是非理谷充。打工不顺利，推的偶像结婚，甚至被误认为是暴行犯而被警察追赶

小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

某日，小新（矢岛晶子配音）、小葵和美伢（楢桥美纪配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。

这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能否粉碎这阴谋？

某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……

新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。

大件事！小新一家變成全國通輯犯！在少年警訊的「野原家成魔之路特輯」中透露，小新一家正與邪惡勢力「獎鬥人」進行「秘密東西」交易。據小新的好朋友正男(別號：「無間正男」)所說，自從美冴媽媽縮減早餐改買「特級烤肉」晚餐的那一刻開始，他們一家就變了，爸爸變成「臭狐戰士」，媽媽化成「電波少女」，小新聯同妹妹小葵、小狗小白組成「搗蛋兵團」。另據警方線人指出小新一家正合力避開警民耳目，潛入獎門人的總部。但在另一方面，小新一家的鄰居卻相信他們是無辜的。究竟誰是誰非？小新一家真的與邪惡勢力交易？還是另有冤情？

某日，小新（矢岛晶子配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子配音）的帮助下，小新一行人