故事发生在一艘名为“契约”的殖民太空船之上，飞船上搭载了两千名进入沉睡的殖民者，他们的目的地是遥远的欧米伽六号行星，希望能够在那里建立新的家园。一场意外的发生令契约号的能量收集帆遭到了破坏，船长布兰森（詹姆斯·弗兰科JamesFranco饰）亦不幸身亡。作为代理船长的欧朗（比利·克鲁德普BillyCrudup饰）带领着惊恐而又悲伤的船员们降落到了一颗未知的神秘星球上。在这里，他们遇见了仿生人大卫（迈克尔·法斯宾德MichaelFassbender饰），大卫热情的接纳了人类的到来，并讲述了他和已故的肖博士（

这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。