故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章配音）、中岛匡幸（福山润配音）和大神信（保志总一朗配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。某日，厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起，前往传说中的诅咒之地探险，在“现世”和“幽世”的交接处，三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中，三人匆忙逃跑，却发现灵魂竟然脱离了肉体，当他们再度找回肉身之后，一切都改变了，三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时，古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

奥莉薇（长江里加配音）是学校里新来的转校生，金发碧眼的她生得一副标准的外国人面孔，但实际上，无论是出生和成长都在日本境内的她，根本就一丁点英语都不会说。野村香纯（小原好美配音）拥有着过人的智商，在几乎全部的学科上都是头筹的位置，但偏偏对英语这门科目不感冒，不只是不感冒，香纯的英语成绩只能用惨不忍睹来形容。奥莉薇的出现让香纯看到了希望，她打算拜托对方帮自己补习英语。本田华子（木野日菜配音）看上去有些呆呆的，常常会做出一些傻事，但成绩却意外的不错，对现充生活充满了憧憬的她，却同奥莉薇和香纯一起，被拉入了游戏的

火野国中1年级的植木耕助，某天突然得到了“将自己认为是垃圾的东西变成树”的能力，授予他这个能力的是天神候补的天界人小林老师。100名天神候补授予各自选中的中学生以不同的能力，让其战斗，能够选中最强中学生的天神候补就可以成为下届的神。于是一场惊天动地的战斗展开了。但是这种能力一旦伤害普通的人类，自身拥有的才能就会一点点消失。然而一旦在战斗中胜出的话，就能拥有”空白之才“（拥有者能拥有任何一种想要的才能），即使是再恐怖的能力也有可能。植木为了不让“空白之才”落入邪恶之人的手中，决定贯彻自己的正义，守护“空白之

在公元200X年，由于网络科技日新月异，人类已经进入一个全新网络时代。每个人都会随身携带类似小型个人计算机的PET，其中安装称之为“网络领航员”的人工智能计算机。PET及网络领航员的发明为人类生活带来许多好处，但是网络黑客、病毒传播及高科技犯罪也成为日益严重的问题。光热斗是个国小5年级的小学生，住在秋原镇。在他升上5年级的时候，父亲设计了一个个人网络领航员─洛克人作为礼物，于是他与学校的好朋友们组成网络领航员团队，专门解决网络上发生的问题，结果发现，这些神秘犯罪的始作俑者就是邪恶组织ＷＷＷ。为了阻止ＷＷＷ

岛津丰久，一名活跃于战国时代后期的年轻豪杰。在一场撤退战中，为了掩护友军平安脱困而身受重伤。不料眼一眨，却赫见一名不明人物出现在眼前，并打开一扇门引他进入另一个由许多不同时空交错而成的奇幻世界。而从这一刻起，他便成了在这个新世界与诸多历史名人合作及交战，进而大展身手的漂流武士！

相原琴子（水树奈奈配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重雄（岛田敏配音）将琴子托付给了自己的好友，没想到这名好友居然就是直树的父亲！就这样，琴子和朝思暮想的直树开始了同居生活

第三期银河时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？此队与剧场版《闪电十一人GOVS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。目前新生闪电日本队没有板凳成员。在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。在第一主题曲中有出现的国家有：韩国、中国（

性格内向的青柳立夏（皆川纯子 配音）身上总是带着莫名的伤痕，这样的他理所应当的成为了同学欺负的对象。可是这样的立夏依旧有着温柔的一面，他手持着相机，希望能够制造共同的回忆。以前的立夏并不是这幅摸样，这一切要从他的哥哥青柳清明（成田剑 配音）的被害说起。清明的死给立夏的全家都带来了毁灭性的打击，也成为了立夏挥之不去的阴影。突然有一天，一个名叫我妻草灯（小西克幸 配音）的金发男子出现在了他的面前。草灯告诉立夏，他是清明的的战斗机，每位战斗机都有一个能用语言操纵他们的主人，而自己曾经的主人就是清明。现在，清明死

十五世纪赫赫有名的两大家族──红蔷薇兰开斯特与白蔷薇约克所掀起的蔷薇战争。约克王朝的最後一任国王「理查三世」，因为一个不为人知的天大秘密，一出生就被母亲视为恶魔之子。无法受到母亲关爱的理查，便将协助自己的父亲登上王位视为活下去的最大动力。在一次偶然的机会下，理查遇到了一位自称牧羊人的神秘男子，他的人生也开始有了转变。