未来某年的7月2日，美国各地的监视站发现一艘直径达数百英里的巨大飞船接近了地球。飞船发出的无线电信号干扰了地球的通信卫星信号，并放出了多艘直径达15英里的子飞船飞抵地球上各大城市的上空。外星飞船敌友未明，人们陷入了恐慌和迷惑。电脑工程师戴维（杰夫•戈德布拉姆饰）破译出外星人发出的无线电信号，其实是攻击的倒计时信号，他设法通知了前妻，总统的助理康妮，但是为时已晚，7月3日，外星人的飞船开始攻击地球，人类文明瞬间遭到巨大的打击和灾难。总统（比尔•普尔曼饰）等人撤离到军事基地，指挥空军反击，却犹如以卵击石，毫无

和叔叔婶婶一起生活的瑞克（德雷克•贝尔DrakeBell饰）算得上是一个标准的失意路人甲了，他暗恋同班的邻家美女吉尔（萨拉•帕克斯顿SaraPaxton饰），但在吉尔狂妄的男友兰斯面前却感到自己毫无机会。在班级旅行中，瑞克一班人参观了动物基因实验室，擅于把所有事情搞砸的瑞克被经过基因改造的蜻蜓咬啮，从此拥有了超人的能力：不死之身外加具有吸附力的身体。与此同时，兰斯的叔叔兰德斯（克里斯托弗•麦克唐纳ChristopherMcDonald饰）掌控的医疗中心正在加紧研制人类基因改造技术，罹患绝症的兰德斯借助该技

经历过外星人大举入侵地球后，人类知道，这些入侵者有一天一定会再回来。人类运用先前外星人所遗留下来的科技文明，发展出一套强大的地球防御系统以抵御外星人的再度入侵。然而，20年后，这些外星人却带着人类前所未见、更先进强大的武力再次入侵地球，带来更大的全球灾难，几位勇敢的年轻人，他们挺身而出，将再一次为人类生存而战斗……

企业号宇宙飞船遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡特船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备投入战斗。可就在这时，罗木兰星球发出了和谈的讯息，星际联盟命令企业号前往谈判，当皮卡特船长第一次见到罗木兰星球新的执政官后惊呆了，原来对方就是罗木兰很久以前制造的皮卡特的人类复制品，面对这个难缠的对手，皮卡特船长和他的船员们该如何是好？

寇克等人作为嘉宾乘新企业号试航，途中收到救援任务……而在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击企业号。唯一能够帮助新船长皮卡特来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的寇克船长。

本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。

皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁……来自外层空间的索纳人联结星际联盟