少年牧真人的母亲葬身火海后，他随父亲与继母组成新家庭。深陷悲伤的真人阴郁孤僻，难以融入新环境。一次意外，他跟随一只会说话的苍鹭闯入废弃的神秘塔楼，却不料进入了奇幻的“亡灵世界”，开始了一场不可思议的冒险……影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事由宫崎骏原创。

影片是《四重奏》导演土井裕泰，编剧坂元裕二的大银幕首部合作作品。故事讲述男女主人公因在东京明大前站错过末班电车而偶然相识，之后展开时代、时间、地点、全部的偶然都像命运一样同步的5年恋爱，展现了他们在既非大人也非孩童的时期里，迷茫前行的模样。

德川幕府时期，因厌倦无休止的杀戮，崇尚自由的伊贺忍者卡姆依（松山ケンイチ饰）选择逃亡，他也因此遭到昔日战友们的无休止的追杀。某日，在躲避松山领主水谷军兵卫（佐藤浩市饰）追杀的过程中，卡姆依结识了砍断领主马腿的渔夫半兵卫（小林薫饰），并随之回到辛岛隐藏。半兵卫的妻子沙耶香（小雪饰）曾经也是一名逃往忍者，卡姆依的到来令她心存戒备。不久，半兵卫遭邻人告发，被领主抓走准备处死。卡姆依和沙耶香合作闯入刑场拯救半兵卫。而这次行动也引起了一直追查他们行踪的伊贺忍者的的注意，宿命之战在所难免……本片根据日本漫画家白土三平

为了拯救危难中的村民，阿斯达卡的右手中了凶煞神的诅咒。达卡只好离开亲人往西方流浪以寻找解除诅咒的方法。旅途中他遇到了由幻姬大人带领的穷苦村民在麒麟兽的森林里开采铁矿，提炼矿石。白狼神莫娜和她养大的人类女孩“幽灵公主”桑对幻姬恨之入骨，因为她们觉得幻姬带领众人破坏了森林。想帮助人类的阿斯达卡被桑深深吸引，他理解她，但为了帮助穷人又不得不和她作战。一次战斗中，阿斯达卡被麒麟兽所救，他的立场更加摇摆不定。这时，以疙瘩和尚为首的一群人来杀麒麟兽，幻姬以火枪击毙了麒麟，麒麟的头被疙瘩和尚抢走。愤怒的麒麟的灵魂为夺回