星元122年――这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。与此同时，米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。向二人袭来的新的困难与迫近的决断。少女们胸怀各自的感情，面对高达带来的强大诅咒。

上杉达也（三矢雄二配音）和上杉和也（难波圭一配音）是一对孪生兄弟，与住在隔壁的浅仓南（日高法子配音）从小一起长大。三人都进入了明青学园就读。虽为双胞胎，但达也和和也的性格全然相反。和也是学校女生的偶像，棒球队的王牌；而达也则懒散，对什么都满不在乎。学校里，和也和小南是公认的完美的一对。达也也觉得二人的般配，只在心里默默的喜欢着小南。但小南则似乎总是有意无意的接近关心着达也。和也率领着棒球队打到了进入甲子园的关键一战，在决赛的前晚，和也表达了对小南的爱意，但小南并未回应。第二天早晨，一切亦如往昔，但变化说来

在年糕山上住着一个名叫恰恰（铃木真仁配音）的见习魔女，对于恰恰来说，与师傅塞拉维（泉类亨配音），好友利亚（香取慎吾配音）和席奈（日高法子配音）一起修行的日子十分的快乐。恰恰拥有一块代表爱的魔法宝石，利用它，在好友的勇气和希望的配合下，即能变身成为法力高强的魔法少女，但这颗宝石为何会在恰恰的手里，这始终是一个谜。原来，恰恰本是魔法王国的公主，可是，大魔王攻打了魔法王国，将她的父母变成了石像，所幸有塞拉维的营救，恰恰才逃过了一切。得知了真相的恰恰决定在伙伴们的帮助下替父母报仇，就这样，三人踏上了充满着危险的旅

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──在激战的彼端，等待着他的是……

虽然犬冢孝士（高桥广树配音）出生在武术之家，但他本人却是个绝对反对暴力的人士。某一日，一个粉色头发的可爱少女出现在了他的面前，并且自称是他的……未婚妻？原来，少女名叫九头龙桃子（鹿野优以配音），由于曾经被孝士出手相救过，所以认定了孝士是世间的第一高手，从而许下了要和他生养世上最强孩子的愿望。桃子的热情奔放让孝士防不胜防，但在打闹之间，孝士也开始在意起了这个奇怪的女孩。除了桃子之外，外表柔弱内心强悍的中慈马早苗（平野绫配音），个头矮小却功夫高强的巳屋本色羽（宫崎羽衣配音）等女孩子们，在一时间居然都以孝士为目

一天，Festum突如其来袭击了龙宫岛被问及“你在那里吗…”的那一天起回溯到1年前。比总士、一骑等人高一年级的前辈将陵僚等人就读的龙宫岛中学，举行了错季的「毕业」典礼…。是的，那正是等待他们的命运之序章…。