2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统WizardDriver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。

在过去被称为"恶魔"被放逐到地底下的"伏魔三剑侠"，经过数千年，终於觉醒复活了！!三剑侠利用人类精神世界(UNDERWORD)的魔力，把过去被骑士们打倒的怪人们一个一个复活过来！!现在正是恶魔三人组开始地征服上计划的复仇时候！!为了阻止这一切WIZARD和FOURZE、流星、抚子、会合，再加上OOO、BIRTH、W、ACCEL也都现身了！!6人骑士VS怪人大军团，这空前绝大的战斗即将引爆！

霓虹闪烁的大都市，彩虹旋风突然降临。操真晴人（白石隼也饰）与操纵这一切的金色魔法师（阵内孝则饰）对决，却最终陷入昏迷。当他和阿历（奥仲麻琴饰）苏醒后发现，整个世界都变成了魔法国度，人们通过变身腰带和魔法戒指随心所欲使用魔法，并且习以为常，乐在其中。虽然也有Phantom作乱，但是每一个市民都可以变成假面骑士打败进犯者。二人因身份可疑，遭到大门凛子（高山侑子饰）逮捕，继而被送到魔法王国统治者玛雅大王（忍成修吾饰）的宫殿。困扰的二人与新结识的朋友们，必须迎来一连串的挑战。在这个甚为怪异的平行世界，他们该如何打

三年级的弓道部部长岸本杏（池田依来沙饰）决心引退，由二年级的天才学弟三神曜太（中尾畅树饰）继任部长，然而事情却朝着出人意料的方向发展....