京都・山科の邸宅で、大手メーカー“梶田重工”社長・梶田正彦（団時朗）が撲殺されているのが見つかった。知らせを受けた糸村聡（上川隆也）たち京都府警“特別捜査対策室”のメンバーは、すぐに臨場する。正彦は病気療養のため半年前から会社を離れ山科にある生家にこもっていたが、実は病気というのは口実で、長男で副社長の一（蟹江一平）と次男で専務の修（前川泰之）に半年間経営手腕を競わせ、次期社長を決めようとしていたらしい。事件が起きたのは“次期社長を決定する運命の日”で、社員2人が兄弟の評価を決めるための決算書を持ってきた

在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、手上握着不可思议的瓶子。「变身！」――青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！

故事从战兔在公路上骑着摩托车，接到美空和纱羽姐的电话开始。万丈去参拜香澄（女朋友）的墓，一海去参拜三羽鸦的墓，幻德则睡觉。三都的知事的演说开始了，战兔将一对姐弟从Smash那解救了出来。因为伊能贤吾的洗脑，民众们向战兔袭来。火星灭亡后，为了毁灭地球，Blood族在这10年里，一直作为影子暗中活动。Evolto因为没参与其中，导致三人被灭亡。战兔在逃跑的途中，突然出现了两只狗，看到狗实在太可爱了，战兔忍不住为其拍照。结果不巧被民众发现了，又跑了出去。足球场的应援席里，一海与幻德达成一致。但是这时北都知事--

故事发生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出现了《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空竟出现了倒立的另一个世界。另一边，EX-AID的世界也发生同样的状况。有天空之壁的世界正逐渐的坠落到EX-AID的世界，距离两个世界冲突碰撞的时间还剩下24小时。世界末日的倒数开始…！面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群战士。凌驾前