上世纪初，猖獗的香港海盗屡屡劫持商船，考虑到各国商家的投资信心会因此减少，继尔香港国际贸易中心的地位可能会不保，当局改编水师，成立了一支特警小队负责海上治安。队长马如龙（成龙）执行公务时遭人陷害，愤而辞职。海盗头目罗三炮（狄威）抓走官兵家眷做人质，当局决定利用内线周永龄从中调停。因为早知周永龄与海盗勾结，马如龙自告奋勇拯救人质，他重组水师，制定了A计划，期望通过与上司洪天赐（元彪）及好兄弟卓一飞（洪金宝）作里应外合，将海盗一网打尽。

鸦片战争前夕，大侠黄飞鸿（王珏饰）协助钦差大人林则徐（鲍方饰）查禁鸦片。十二贝勒（熊欣欣饰）勾结烟商决定亲自来广州对付黄林二人。广东富商苏仁（吴孟达饰）的儿子苏灿（甄子丹饰）武功了得，苏灿的女友戴懿德（袁洁莹饰）刚从国外回国，遭到火莲教袭击，苏灿为救女友用巨型炮仗炸毁了太平鼓还伤及了无辜。黄飞鸿得知此事后找到苏灿理论，苏灿对黄不满矛盾由此而生。十二贝勒知道两人不和趁机挑拨，想利用苏灿对付黄飞鸿。暗恋苏仁的小姨峭牙珍（陈淑兰饰）因为误会率领众人去破坏戴懿德的妇女会，与此同时戴发现了十二贝勒的阴谋，但反被十二

大胆（成奎安饰）率一伙悍匪打劫南非钻皇得手，他们找到中间人李云飞（陈惠敏饰）销赃，却在交易时黑吃黑射杀收购人，李云飞趁乱逃脱。卧底张郎（周星驰饰）因工作的特殊情况，导致和女友周文丽（周慧敏饰）之间的误会越来越深，张郎欲甩手不干，但迫于老上司李警官（李修贤饰）压力，只得为了查清钻石劫案，奉命接近李云飞。其时李云飞正受到大胆一伙的追杀，张郎助其脱险得到了李云飞的信任。在接触中，张郎逐渐发现李云飞作为老派江湖人物行事有情有义，两人遂结为异姓兄弟。另一方面，张郎几经努力却无法向丽文表白自己的卧底身份，后者眼看要假

清朝末年的香港，在上、中、西环有“镇三环”之称的帮办暗中勾结西环恶霸勾心虎，西环治安一时乌烟瘴气。警官马如龙（成龙）奉命接管西环后，迅速将勾心虎拘捕人狱，招来“镇三环”的怨恨。彼时内地革命风云翻涌，革命党人来港宣传，并计划营救被捕同志。为将革命党人一网打尽，清廷派遣密使联络镇三环，马如龙结识白影红、莹莹、珊珊等革命党人（张曼玉、关之琳、刘嘉玲等）后也被卷入斗争漩涡，而同时，一群四肢发达头脑简单的海盗正在伺机向马如龙报仇。

一对孪生兄弟王名成(刘青云)与王利就(周星驰)自小失散。名成与母相依为命，利就则为老粗鲁辉(梁家仁)收养，改名为鲁细。成是电影圈的新进导演，为人精明有绰头，敢作敢为；细则为通天经纪，性格爽朗具正义感。机缘巧合下两人相遇并共住一屋，但却不知大家的真正身份。细钟情于童年好友方嘉楠(陈秀雯)，嘉楠是名成的下属，对名成心仪已久，兄弟两人更闹出一段纠缠不清的三角恋爱。鲁辉认识了嘉楠的阿姨卓龄，她为人高贵具教养，与辉分属两个世界，但龄欣赏他为人老实忠诚，最后与他展开了一段浪漫恋情。兄弟两人最后终于相认，但因性格各异而

一切都由一本科幻小说引起。小说家杨匡（刘兆铭饰）的科幻小说里描述了一种改造新人类的方法，那就是抽取人类的脑细胞，加以改造，以此甚至能控制被改造者的思想。这一切看似荒诞的想法，竟被一个阴谋控制全世界的富商看中。他出资建立了实验室，招募了一批手下，将杨匡捉了去做实验。后来，杨匡逃了出来，被人送到医院。医生原振侠（黎明饰）武功高强，为人正义，他发现杨匡十分沉默寡言，目光呆滞，经常用水清洗双手。杨匡的反常的表现引起了原振侠的注意，他和护士彩云（朱茵饰）决心找出杨匡背后隐藏的秘密。